Este site disponibiliza o AVRDUDE para windows e os manuais para o mesmo. O avrdude está em um arquivo ZIP, contendo o executável do avrdude e uma pasta com o driver para windows. Nessa pasta estão o driver e 3 scripts (.BAT) para instalar, remover e consultar o status da instalação do driver.
Os manuais estão disponíveis on-line aqui ou para download nos formatos HTML e PDF.
avrdudewin32.zip 680K
avrdude.pdf 200K
avrdude-html.zip 72K
Existem outras ferramentas livres para programacao dos controladores AVR da Atmel. O WinAVR (http://sourceforge.net/projects/winavr) é um conjunto de ferramentas livres para para desenvolvimento em plataforma Windows.